Los datos nutricionales del queso pueden variar en función de su contenido en grasa, pero en general se puede decir que es una rica fuente de calcio, proteínas, y fósforo.
100 gramos de queso manchego contienen 21 gramos de proteínas y entre 600 y 900 miligramos de calcio. Al tratarse básicamente de leche concentrada, hacen falta 600 gramos de leche para igualar esta cantidad de proteínas, y 550 gramos para la de calcio.
El queso también comparte con la leche sus problemas nutricionales, derivados del alto contenido en grasas saturadas, consistentes en triglicéridos y ácido graso saturado. Este tipo de grasas influyen muy negativamente en enfermedades cardiovasculares. El Centro de la Ciencia de Interés Público sitúa al queso como la primera fuente de grasa saturada en los Estados Unidos, en los que cada habitante consume de media uno 13,6 kg al año. Sin embargo esta cantidad es bastante más pequeña que la de países europeos como Grecia (27 kg) o Francia (24 kg), en los que se tiene un índice relativamente bajo de enfermedades del corazón. Este hecho se conoce como la paradoja francesa, y se apunta a que se pueda justificar por el alto consumo de productos de la dieta mediterránea, como el vino tinto o el aceite de oliva.[17]
Muchas agencias de todo el mundo advierten de los riesgos del consumo de quesos hechos con leche fresca (no pasteurizada). La Administración de Drogas y Alimentos estadounidense sostiene que los quesos de leche fresca pueden causar enfermedades infecciosas como la listeriosis, brucelosis, salmonelosis, y hasta incluso tuberculosis. En los Estados Unidos, una ley de 1944 obliga a todos los quesos de leche fresca (incluidos los importados desde 1951) a tener un curado mínimo de dos meses. Otros países no europeos también han optado por restringir legalmente el consumo de estos quesos, como Australia, uno de los más estrictos en ello, aunque recientemente ha abierto excepciones con los quesos suizos gruyer, emmental, sbrinz y también con el queso roquefort. Sin embargo, la pasteurización de la leche no es totalmente eficaz a la hora de evitar estos problemas, como se puede ver en los datos de intoxicaciones por consumo en Europa (donde en muchos países es legal el consumo de quesos frescos de leche no pasteurizada), y en los que la mayoría de casos apuntaban a quesos pasteurizados.
Las precauciones con el consumo de quesos han de ser mayores en el caso de embarazadas, como señalan los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de los Estados Unidos, debido al riesgo de transmitir listeriosis al feto.
Estudios en el campo de la odontología afirman que el queso puede ayudar de forma significativa en la prevención de caries y otras enfermedades de los dientes. Se trata de uno de los alimentos con contenido más alto en calcio y fósforo, así como de caseína y otras proteínas, qué son los principales componentes del esmalte de los dientes, por lo que la ingesta de queso puede ayudar a su remineralización. Aparte de esto, algunos ácidos grasos tienen propiedades antimicrobianas, controlando así el nivel de placa. Muchos tipos de queso estimulan también el flujo salival, lo que ayuda a limpiar la cavidad bucal de restos de alimentos, amortiguando también el medio ácido. Después de las comidas el pH de la saliva desciende, pero el calcio y el fósforo del queso ayudan a prevenirlo.
Las personas que sufren intolerancia a la lactosa normalmente evitan consumirlo, sin embargo quesos como el cheddar sólo contienen un 5% de la lactosa encontrada en la leche entera, y en los quesos más añejos es prácticamente despreciable. Hay gente que sufre reacciones ante aminas encontradas en el queso, especialmente la histamina y la tiramina. En los más curados la cantidad de estas sustancias se hace más notable y pueden producir reacciones alérgicas como la aparición de sarpullidos, dolor de cabeza o aumento de la presión sanguínea.